本校原為中正國小千石分校，於民國五十二年八月一日正式獨立設校，校名為「花蓮縣花蓮市忠孝國民學校」，由林永隆先生擔任首任校長。

民國五十七年實施九年國民教育後，校名改為「花蓮縣花蓮市忠孝國民小學」。此後校務持續發展，歷任校長相繼致力於校園建設與教學品質提升。

至今已有十餘位校長接棒，帶領學校逐步成長。現任校長為紀忠呈先生，校內設有 41 間教室，軟硬體設施齊全，校園環境優良，為花蓮市重要的教育基地之一。